1941
Premio di Secondo Grado in occasione del III Premio Bergamo, Palazzo della Ragione, Bergamo, settembre – ottobre 1941.

1945
1º Premio, ex aequo con Bruno Cassinari, in occasione del Premio Fra Galgario, Circolo Artistico, Bergamo, dal 29 settembre 1945.

1952
1º Premio, ex aequo con Mauro Reggiani, in occasione del VII Premio Lissone, Palazzo delle Esposizioni, Lissone, 14 settembre – 5 ottobre 1952.

1953
1º Premio per la Pittura con l’opera Studio 1953 in occasione dell’Esposizione Nazionale di Belle Arti, Premio Città di Torino, Palazzo Chiablese, Torino, maggio 1953.

Premio del Comune di Lerici per l’opera Studio 1953 in occasione del V Premio di Pittura Golfo della Spezia, La Spezia, 19 luglio – 13 settembre 1953.

1954
Premio Esercenti Macellari in occasione della V Mostra nazionale del Premio del Fiorino, Galleria dell’Accademia, Firenze, 27 marzo – 30 aprile 1954.

1955
1º Premio per l’opera Paesaggio, 1955, in occasione del V Premio Nazionale di Pittura Città di Gallarate, Gallarate, 29 maggio – 16 giugno 1955.

1956
Premio acquisto “Parlamento” concesso dal Senato e dalla Camera dei Deputati per l’opera Studio per colazione all’aperto, 1956, in occasione della XXVIII Biennale Internazionale d’Arte di Venezia, Venezia, 16 giugno – 21 ottobre 1956. Gli fu riservata una sala personale.

1957
1º Premio per l’opera Collina d’estate in occasione del IX Premio Nazionale di Pittura Golfo della Spezia, La Spezia, 7 luglio – 8 settembre 1957.

1959
1º Premio per la Pittura per l’opera Studio per bagnanti in occasione del Premio Morgan’s Paint, Biennale per la pittura, la scultura e il bianco e nero, Palazzo dell’Arengo, Rimini, 15 luglio – 30 agosto 1959.

Premio Presidenza del Consiglio, ex aequo con S. Cherchi, in occasione della VIII Quadriennale Nazionale d’Arte di Roma, Palazzo delle Esposizioni, Roma, dicembre 1959 – aprile 1960.

1961
Medaglia d’oro della Presidenza del Senato in occasione della XII Mostra Nazionale del Premio del Fiorino, Galleria dell’Accademia, Firenze, maggio 1961.

1º Premio per l’opera Fiori in occasione del 1º Premio Nazionale di Pittura Campione d’Italia, Campione d’Italia, 19 novembre – 13 dicembre 1961.

1962
Premio del Comune di Venezia riservato ad un artista italiano, ex aequo con Giuseppe Capogrossi, in occasione della XXIX Biennale di Venezia, Venezia, 16 giugno – 7 ottobre 1962. Gli fu riservata una sala personale.

1963
Riconoscimento Dunn International

1979
Nel gennaio 1979 Ennio Morlotti ha ricevuto la cittadinanza onoraria del Comune di Bordighera.

1988
Premio Città di Jesi – Rosa Papa Tamburri, VI Edizione, Chiesa di San Nicolò, Jesi, 7 maggio – 5 giugno.

Il 25 settembre 1988 Ennio Morlotti riceve la cittadinanza onoraria del Comune di Imbersago.

1996
Nel maggio 1996 il Comune di Imbersago dedica ad Ennio Morlotti il Premio Morlotti – Imbersago, rivolto ai giovani artisti.

2010-2020
A Ennio Morlotti vengono dedicate una via nel quartiere Santa Giulia di Milano e un piazzale a Bordighera.